工程预付款的额度通常基于合同约定，对于包工包料的工程而言，预付款的比例通常在合同金额的10%至30%之间。此额度需根据具体项目及合同条款进行调整。

工程预付款的支付时间应尽量在合同签订后一个月内或不迟于约定开工日期前的七天。若发包人未能按时支付预付款，承包人有权在预付款到期后10天内发出预付款通知。若发包人仍不支付，承包人有权在发出通知后的14天内停止施工，同时发包人需按约定支付利息（利率参照同期银行贷款利率），并承担相应的违约责任。

工程预付款的扣回方式应明确于合同中，以抵充工程价款的方式逐步扣回。在工程进行过程中，随着主要材料储备的减少，预付款将根据合同约定进行扣减。若在颁发工程接收证书前因不可抗力或其他原因解除合同，预付款尚未全部扣清的余额应作为承包人的到期应付款。