在婚姻关系存续期间购买的小产权房，在离婚时如何进行分割，这涉及法律和实际情况的综合考量。法院在处理此类问题时，会根据小产权房的具体情况进行不同的处理方式。对于已被有权机关明确认定为违法建筑的小产权房，法院通常不会进行处理，因为这种建筑的合法性存在严重问题。

然而，如果违法建筑已经通过合法程序完成了程序上的合法化，例如完成了相关的法律手续或取得了合法的产权证书，法院会对其归属权进行处理，即明确该小产权房的产权归属。

另外，对于那些未经批准建设，但在较长时期内存在并未受到处罚的小产权房，法院可能会对小产权房的使用权归属进行处理。这意味着，在离婚分割财产时，法院可能会将使用权的归属分配给其中一方，具体分配比例则取决于诸多因素，包括双方的经济状况、对房产的贡献以及双方的意愿等。

总的来说，小产权房在离婚时的分割需要具体情况具体分析。法院会基于对小产权房的合法性、存在时间、未受处罚情况以及双方的实际情况等进行综合考量，从而决定如何进行分割。这体现了法律在处理此类问题时的灵活性与公正性，旨在在法律框架内公平、合理地处理离婚财产分割问题。